Der Begriff „Gewässerökologie“ besteht aus zwei Teilen. Einerseits Gewässer, das ist der Überbegriff für alle Wasserformen wie Flüsse, Seen, Bäche, Tümpel und alle weiteren. Zum anderen steckt der Begriff Ökologie darin. Unter Ökologie versteht man die „Wechselbeziehungen zwischen der belebten und der unbelebten Umwelt“, also die Art und Weise, wie sich in die zahlreichen äußeren Einflüsse auf Lebewesen auswirken. Lebewesen sind in diesem Fall meistens Fische, aber natürlich auch Amphibien wie zum Beispiel Frösche.
Kleinwasserkraftwerke sind Bauwerke, die in den natürlichen Lauf eines Gewässers eingreifen und dadurch Einfluss auf einige Faktoren nehmen, die für die Gewässerökologie eine Rolle spielen. Vonseiten der KraftwerksbetreiberInnen wird versucht, diese Eingriffe so gering wie möglich zu halten.
Worauf nehmen Kleinwasserkraftwerke nun Einfluss? Beispielsweise auf die Durchgängigkeit von Gewässern. Wenn ein Kraftwerk gebaut wird, dann bedeutet das ein potenzielles Hindernis für Wasserbewohner. Durch Fischaufstiegshilfen wird hier jedoch aktiv dafür gesorgt, dass jeder Fisch gefahrlos dorthin schwimmen kann, wo er hinmöchte.
Auch auf die Fließgeschwindigkeit des Gewässers haben Kleinwasserkraftwerke einen Einfluss. Zwar können Stauräume zur Reduktion von Fließgeschwindigkeiten führen, aber das bedeutet keine Verschlechterung des ökologischen Zustandes. Es ist vielmehr so, dass Kraftwerke in Gewässern errichtet werden, die zur Landgewinnung und zum Hochwasserschutz begradigt, dadurch verkürzt und somit steiler und „schneller“ gemacht wurden. Gerade hier können in Staubereichen positive Lebensraumbedingungen auftreten, die in anderen Gewässerabschnitten nicht mehr vorhanden sind. So kann oftmals beobachtet werden, dass die Fische flachere Staubereiche zum Laichen nutzen, und sich hier die Fischbrut sehr gut entwickelt.
Dass ökologisch intakte Gewässer den BetreiberInnen von Kleinwasserkraftwerken ein großes Anliegen sind, beweist die Branche durch Investitionen und Entwicklungen. In den letzten 10 Jahren wurden rund 85 Millionen Euro in Projekte investiert, durch die Flüsse und Bäche durchgängig gemacht und der Zustand der Gewässerökosysteme verbessert wurde. Fischaufstiegshilfen und Strukturierungsmaßnahmen wurden umgesetzt. Die Branche setzt dabei auch auf Innovationen, um die teils hohen Kosten etwas abzufedern. So kam es zur Entwicklung von speziellen Bauweisen von Fischwanderhilfen, etwa der Fischaufstiegsschnecke.
Es ist bei Neubauten oder Revitalisierungen von bestehenden Kleinwasserkraftwerken auch sehr unwahrscheinlich, dass es zu negativen Auswirkungen auf die Gewässerökologie kommt: Das ergibt sich auch aus der aktuellen Rechtslage. Verschlechterungen des ökologischen Zustandes sind nur zulässig, wenn ein übergeordnetes öffentliches Interesse diese rechtfertigt – wenn also der Kraftwerksbau von besonderer Bedeutung für die Allgemeinheit ist. In den meisten Fällen ist es also so, dass ein Kraftwerk nur dann gebaut werden darf, wenn sich daraus keine Verschlechterung der Gewässerökologie ergibt.
Die Kleinwasserkraft ist aber nicht der einzige Akteur, der in der -positiven sowie negativen- Beeinflussung der Gewässerökologie eine Rolle spielt. Auch die Landwirtschaft, Gewerbebetriebe, sowie Wasserversorgungs- und Abwasserentsorgungsbetriebe nehmen Einfluss auf die Ökologie der Gewässer. Die Landwirtschaft kann beispielweise, wenn der Boden instabil ist, Erdreich und dadurch eine erhöhte Menge Phosphor in Gewässer einbringen; Bei Wasserversorgungsbetrieben und Abwasserentsorgungsbetrieben stellt sich stets die Frage nach der Menge des entnommenen sowie wieder an die Umwelt abgegebenen Wassers, das ebenfalls eine hohe Relevanz für die Gewässerökologie hat.
Zusammengefasst sieht man, dass die Gewässerökologie ein breites und komplexes Themengebiet ist. Es setzt sich nicht nur aus vielen beeinflussenden Faktoren zusammen, sondern hat auch viele Akteure, die aktiv wie auch passiv Einfluss nehmen. Gerade weil die Kleinwasserkraft durch ihre Tätigkeit Einfluss auf die Ökologie nimmt, bemüht sie sich einerseits, diesen Einfluss so gering wie möglich zu halten, und nimmt andererseits auch positiven Einfluss auf die Fauna der Gewässer.