Bei der Genehmigung von Wasserkraftanlagen in Österreich sind das Wasserrechtsgesetz (WRG), in dem auch die Vorgaben der europäischen Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) verankert sind, und das Naturschutzgesetz (NSchhG) des jeweiligen Bundeslandes maßgeblich.
Es müssen zudem weitere Gesetze beachtet werden wie das jeweilige Landes-ElWOG (Elektrizitätswirtschafts- und Organisationsgesetz), das Forstrecht, etc.
Zu beachten sind zudem der Nationale Gewässerbewirtschaftungsplan (NGP), der Fischwanderhilfen Leitfaden, die Qualitätszielverordnung Oberflächengewässer und unter Umständen der Kriterienkatalog Wasser, etc.
Bevor die Genehmigung für den Bau oder die sogenannte Wiederverleihung (letztlich die Neubewilligung der Bestandsanlage) einer Anlage erteilt wird, werden wasserrechtliche, hydromorphologische, ökologische und energiewirtschaftliche Auswirkungen geprüft, sowie die Auswirkungen auf die Wasserbeschaffenheit, auf die Gewässerfunktionen, den Klimaschutz, der Beitrag zu lokalen Zielen der Energiewende und Vieles mehr.
Es liegt am Antragsteller in seinem Erläuterungsbericht umfassende hydrologische Daten, Umweltverträglichkeitsprüfungen, landschaftspflegerische Begleitpläne und ausgearbeitete Bauzeichnungen einzureichen. Nicht selten kommt es zu Umplanungen.
Die Errichtung von Kleinwasserkraftwerken ist also sehr streng kontrolliert und an eine Vielzahl von Auflagen verknüpft. So wird sichergestellt, dass es zu keiner Verschlechterung der Gewässer bzw. von Natur und Ökologie kommt. Nach Möglichkeit werden sogar Verbesserungen erreicht.
Dies gilt auch für die ökologische Aufrüstung von Anlagen, in deren Zuge zum Beispiel Fischwanderhilfen gebaut werden. Genehmigungsverfahren dauern in der Regel etwa 3 Jahre, Ausreißer nach oben und unten gibt es aber natürlich.
Im Zuge der Genehmigung werden den Betreiberinnen und Betreibern nicht nur die Rechte zur Nutzung und Errichtung erteilt, sondern auch eine Vielzahl von Pflichten für den Betrieb der Anlagen auferlegt, wie etwa die gesetzlich festgelegte Unterhaltung der Gewässer, weitere Umweltauflagen und Vorgaben im Betriebsablauf.
Das positiv beschiedene Genehmigungsverfahren führt zu einer wasserrechtlichen Bewilligung, die einem Eigentumsrecht auf Zeit ähnelt.
In Österreich gibt es zudem noch viele alte, unbefristete Bewilligungen, die die Nutzung einer festgesetzten Wassermenge bescheinigen. Wird dieses Recht über einen längeren Zeitraum nicht ausgeübt, verfällt es. Zudem haben die Behörden über den § 21a des WRG die Möglichkeit in diese Rechte einzugreifen und etwa die Umsetzung des Standes der Technik einfordern (z. B. Errichtung von Fischwanderhilfen).